不動産登記の登録免許税とは？税率や軽減措置を解説

マイホームを購入する際には、登記に必要な費用として「登録免許税」がかかることをご存じでしょうか。
登録免許税は国に納める税金で、登記の種類や不動産の内容によって金額が大きく変わる点が特徴です。
ただし、一定の条件を満たせば軽減措置が適用され、負担を抑えることができる場合もあります。
本記事では、登録免許税の概要や税額の決まり方、軽減制度の内容までを解説いたします。

不動産登記の登録免許税とは

不動産を購入したり相続したりする際には、所有権を法的に確定させるための「登記」が必要となり、その際に「登録免許税」という税金を納める義務があります。
ここでは、「登録免許税は登記の際にかかる国税」「法務局で登記を行う」「司法書士手数料なども登記費用に含まれる」という3つの観点から解説いたします。

登録免許税は登記の際にかかる国税

登録免許税は、不動産の登記ごとに課される国税です。
売買・相続・新築など、取得原因によって税率が変わります。
自宅用家屋なら所有権保存登記0.15％、移転登記0.3％へ軽減されます。
土地の売買による所有権移転登記は、住宅用家屋ではなく税率1.5％です。
区分所有建物の場合は、専有部分と敷地権がそれぞれ課税標準になる点も押さえておくと安心です。
固定資産税評価額は、市区町村が3年ごとに見直す公的な評価額で、市場価格とは必ずしも一致しません。
税額は、「課税標準×税率」で算定します。
課税標準には、不動産価格ではなく固定資産税評価額を用いる点がポイントです。

法務局で登記を行い登記簿謄本で確認可能

登記は、物件所在地を管轄する法務局で申請します。
オンライン申請には、申請用総合ソフトとICカード対応のマイナンバーカードが要るため、早めに環境を整えましょう。
完了後は、登記事項証明書（登記簿謄本）で所有者や抵当権の有無を確認可能です。
登録免許税の基礎となる固定資産税評価額は、固定資産税の納税通知書や課税台帳で確認できます。
税金は、収入印紙またはオンライン決済で納付できます。
登記簿謄本はオンライン請求にも対応しており、自宅のプリンタで印刷可能です。
法務局窓口に出向く必要がないため、利便性が高まっています。
オンライン請求ではクレジットカード決済のほか、コンビニ払いにも対応しています。

司法書士手数料なども登記費用に含まれる

専門性が高いため、多くの場合は司法書士への依頼が選ばれます。
報酬相場は登記の種類や物件数で変わり、所有権移転登記で数万円程度が目安です。
見積書には登録免許税と報酬額を分けて記載しているか確認し、内訳が不透明なら質問して明確にしましょう。
報酬は自由料金ですが、同じ地域でも事務所によって差があるため、料金表を公開しているか確認しておくと安心です。
ローン事務手数料や抵当権設定費用を含めた総支払額を一覧にしておくと、住宅取得に関わるコストを一目で把握できます。

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不動産登記の登録免許税の税率

不動産登記にかかる登録免許税は、登記の種類や不動産の状況によって税率が細かく定められており、その違いを理解することが重要です。
ここでは、「所有権の保存登記」「所有権移転や抵当権設定時の税率の違い」「登記の種類によって変動する税率」の全体像という3つの観点から解説いたします。

所有権の保存登記と登録免許税の関係

所有権保存登記は、新築建物など、未登記不動産に初めて権利を記録する手続きです。
保存登記を怠ると第三者対抗要件を失い、権利関係の証明が難しくなる恐れがあります。
持分登記の場合でも保存登記を先に完了させ、後日に持分割合変更登記を行う手順が一般的です。
税率は、固定資産税評価額の0.4％が原則で、評価額1,200万円なら税額4万8,000円です。
税額は登記内容によって変わるため、事前確認が欠かせません。
保存登記の登録免許税は原則として買主が負担しますが、契約で別の定めをすることも可能です。

所有権移転や抵当権設定時の税率の違い

所有権移転登記の税率は、取得原因で異なります。
売買の場合、土地1.5％・住宅用家屋0.3％が原則で、評価額3,000万円なら税額は土地45万円・建物9万円です。
相続による移転は0.4％、抵当権設定は0.4％ですが住宅ローンによる自宅は0.1％に軽減されます。
相続移転は申告期限内に行えば、登録免許税に加え、不動産取得税の免除対象にもなりやすい点がメリットです。
抵当権設定登記の税率優遇は、将来的に自宅を借り換える際にも再適用されるため、ローン見直しを予定している方は把握しておきましょう。
登記前に、金融機関発行の抵当権設定契約証書に誤記がないか確認しないと、税額計算に影響する恐れがあります。

登記の種類によって変動する税率

保存登記0.4％、売買移転登記は土地1.5％・住宅用家屋0.3％、相続移転登記0.4％、抵当権設定登記0.4％が基本です。
ただし、新築住宅の保存登記0.15％など特例も多く、必要書類を添付すれば適用されます。
建物表題登記や分筆登記など、表示登記には登録免許税は課されません。
分筆後に地目変更登記を怠ると、固定資産税負担が増えるケースもあるため注意が必要です。
仮登記や更正登記には、本登記と同程度の税率がかかるため注意しましょう。
複数の登記を同日に申請すると、印紙代の貼り間違いを防げるので、手続きはまとめて行うと効率的です。
税率の確認を怠ると、申請後に余分な印紙を貼り直す手間が発生します。
余った印紙は換金できないため、あらかじめ税額を把握しておくことが重要です。
税率は年度ごとに改正があり得るため、古い情報を参考にせず最新の国税庁資料を確認することが大切です。

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不動産登記の登録免許税の軽減措置

不動産登記の登録免許税の軽減措置を最大限に活用するには、一定の要件や手続きの内容を正しく理解し、期限内に申請を行うことが重要です。
ここでは、「特定の住宅用家屋に対する軽減制度」「特定認定長期優良住宅に適用される特例」「認定低炭素住宅における優遇措置」という3つの観点から解説いたします。

特定の住宅用家屋に対する軽減制度

自宅として取得する住宅用家屋は、保存登記0.15％、移転登記0.3％、土地1.5％へ軽減されます。
適用には一定の期限内に登記し、住宅用家屋証明書などを提出する必要があります。
建築後1年以内、床面積50㎡以上240㎡以下など、適用要件を満たすか専門家に確認する必要があるでしょう。
軽減措置の期限を過ぎて登記すると通常税率が適用されるため、引き渡しスケジュールと手続きを密に調整しておくことが節税の鍵です。

特定認定長期優良住宅に適用される特例

長期優良住宅は保存登記0.1％、移転登記は戸建0.2％・マンション0.1％に軽減されます。
また、長期優良住宅認定通知書を添付して申請することが条件です。
認定取得は建築計画段階で申請するのが一般的で、完成後に手続きすると工期が長引く場合があります。
長期優良住宅は住宅ローン控除額も拡充される傾向にあり、登録免許税の軽減と合わせて総合的な節税効果が期待できます。

認定低炭素住宅におけるさらなる優遇措置

認定低炭素住宅も保存登記0.1％、移転登記0.3％、抵当権設定0.1％へ軽減されます。
申請には、都市の低炭素化の促進に関する法律に基づく認定通知書を提出します。
他制度との併用可否や期限は、事前に専門家へ確認しましょう。
適合判定には一次エネルギー消費量計算書が必要で、設計段階から省エネ基準を意識すると手続きがスムーズです。
低炭素住宅の認定を受けると、固定資産税の減額措置が受けられる自治体もあるため、地域の制度も確認しておくとさらにメリットが広がるでしょう。

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まとめ

不動産の登記には登録免許税が必要で、登記の種類や内容によって税額が変動する点に注意が必要です。
事前に税率や課税対象を理解しておくことで、登記にかかる費用の正確な見積もりが立てやすくなります。
また、新築や一定条件の住宅では軽減措置を受けられる可能性があるため、制度の確認を忘れずに行いましょう。